公司设立协议与公司章程的区别有：
1.设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，设立协议产生在公司成立前，公司的设立阶段，经发起人达成一致签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才能生效，对股东具有约束力。
2.设立协议不是公司设立的必要法律文件。而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程。
(资料图)
3.设立协议是不要式法律文件，公司章程必须依据公司法制定，不能违反法律、和行政法规为前提。
4.设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，调整的是发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间公司与公司的治理机构之间的法律关系。
二、找法网提醒，公司章程盖章盖在首页和尾页的盖章处盖章，通常会要求加盖骑缝章(章程整体展开可以将骑缝章还原成原章)，这样可以避免否认或者更换文件内容所带来的争议和纠纷。
《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
三、公司章程修改章程程序如下：
1.由公司董事会提出草案。
2.股东会进行表决。
3.涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。
4.涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记。
5.涉及需要公告事项的，应进行公告，如公司发行新股募足股款后，须依法定或章程规定的方式进行公告。
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